با بازسازی حوزه قدیم و تأسیس حوزه جدید، مرحوم حائری با بسیاری از شاگردانش ازجمله امام خمینی(ره)، که در آن هنگام بیستساله بود، رهسپار قم شد و حوزه علاوه بر پرورش و تربیت طلاب مستعد علوم دینی، یکی از مهمترین ارکان واکنش علما در مقابل سیاستهای رضاشاه گردید. یکی از این اقدامات صورتبندی ایدئولوژیک طرح حکومت اسلامی در برابر حکومت پادشاهی و دیکتاتوری رضاشاهی بود