موضوع دیگری که بر شدت مخالفت ملاعلی کنی با فراماسونری دامن می زد، ارتباط این مجمع سری با بهائیت بود. بسیاری از اسناد برجامانده از آن دوران حکایت از پیوستن بسیاری از بهائیان به تشکیلات فراماسونری دارد.
مظفرالدین شاه و همراهان در سفر دوم به اروپا در کنترکسویل در فرانسه 1. ابوالقاسم ناصرالملک 2. حسن پیرنیا (مشیرالملک) 3. محمود حکیمالملک 4. نظرآقا یمینالسلطنه 5. مظفرالدین شاه قاجار 6. ملکم خان ناظمالدوله 7. علیاصغر اتابک اعظم 8. محمود دیبا 9. حسین پاشا امیربهادر جنگ