آیت‌الله بافقی بر این نظر بود که در احادیث و روایات بر نقش پررنگ قم در پیشرفت علوم دینی بسیار تاکید شده است. در دوران آخرالزمان دانش از قم به همه دنیا صادر می‌شود. با این حال شیخ بهایی بر این عقیده بود که برای انتخاب محل حوزه باید دست به استخاره زد و از خداوند یاری طلبید.
