سیدحسین یک سال و اندی در اصفهان ماند، اما بعد از مدتی با نامه‌ای از طرف پدرش تصمیم گرفت مسیر خود در راه تحصیل را به سمت نجف تغییر دهد. با این تغییر مسیر، دوره مهمی از زندگی آیت‌الله بروجردی آغاز شد که سهم بسزایی در شکل‌گیری طرح فکری ایشان داشت

در سال 1346، قانونی با عنوان «قانون حمایت از خانواده» به تصویب رسید که ظاهرا هدف از آن اصلاح برخی از کاستی‌ها در زمینه حقوق زنان بود، اما نقص‌هایی که این قانون داشت باعث شد این قانون به ضد خود تبدیل شود

سرریدر بولارد درباره‌اش گفته بود: اگر او برای حراست از پالایشگاه نفت جنوب با ما مساعدت نمی‌کرد، اصولا مسئله استخراج نفت جنوب منتفی بود

آیت‌الله بروجردی، از مراجع سیاسی شیعیان، نه تنها خود تمام مسائل سیاسی را رصد می‌کرد، بلکه برای برخی از اقدامات سیاسی خود، نمایندگانی را تعیین کرده بود و از طریق آنها پیام‌ها یا اقدامات سیاسی خود را محقق می‌کرد. در مبارزه با فرقه ضاله بهائیت، نماینده آیت‌الله بروجردی مبارزه‌ای را به راه انداخت که اسدالله علم را به‌شدت عصبانی کرد

اقدام حکومت پهلوی در اعدام شهید نواب صفوی و سه تن از اعضای اصلی فدائیان اسلام واکنش متفاوتی را در میان مخالفان و حامیان این گروه از جمله علما و روحانیان به دنبال داشت. حتی مواضع روحانیان نیز نسبت به این اقدام یکسان و یکدست نبود